Gegenüber all diesen Krisenzeiten waren jedoch der Zweite Weltkrieg und seine Folgen weitaus schädigender für das Unternehmen. Es musste eine ähnliche Umstellung der Produktion wie im Ersten Weltkrieg stattfinden. In den Jahren 1943 und 1945 wurden Teile des Werksgeländes – vor allem im Dachbereich und den Obergeschossen der Betriebsgebäude – durch Brand- und Sprengbomben zerstört. Das Wohnhaus blieb dabei fast unversehrt.

Die wegen Materialmangels schwierige Behebung der Schäden an den Betriebsgebäuden wurde jedoch bereits 1944 und 1945 in Angriff genommen. Dabei wurde allerdings das gesamte äußere Erscheinungsbild der Fabrikgebäude am Poetenweg durch andersartige Dachaufbauten grundlegend verändert. Auch strukturell kamen einschneidende Umbrüche auf das Unternehmen zu.

Direkt nach Kriegsende dienten verschiedene intakte Räume auf dem Firmenareal den amerikanischen Besatzern – während deren Verwaltungsherrschaft zwischen 16. April und 2. Juli 1945 – als Magazin. Im Jahr 1949 verließ die Unternehmerfamilie auf Grund angedrohter Repressalien die Stadt und nahm später in den „Hanseaten Werken“ in Bremen die Produktion wieder auf. In der Folgezeit wurden dort Schokoladenwaren und Pralinés von besonderer Qualität hergestellt. In Leipzig wurde die Schokoladenfabrik Felsche im Zuge der Verstaatlichungen in der DDR zunächst Pachtbetrieb des volksverwalteten Betriebes (VVB) Nahrungs- und Genußmittel Sachsen, später dann des VVB Süßwarenindustrie.

Bis 1952 firmierte der Volkseigene Betrieb als VEB Süßwarenfabrik Felsche. Danach verschwand der Name des Unternehmensgründers aus der Firmenbezeichnung. Das Werk hieß bis zur Einstellung der Produktion im Jahr 1967 „VEB Goldeck“. Aus Gohlis kamen in der damaligen Zeit auch die in der DDR außergewöhnlich beliebten „Knusperflocken“.

Nach diversen Instandsetzungsarbeiten und Umbauten übernahm 1968 der VEB OSTRA Hydraulik das Werksgelände für Forschungs- und Versuchszwecke. Besondere Bedeutung hatten dabei „Aufträge für die Landesverteidigung“ – wozu beispielsweise Testreihen für die Panzerproduktion zählten. Die nach der Wende gegründete OSTRA Hydraulik AG nutzte die Betriebsgebäude bis zum Konkurs des Unternehmens 1994.

Nach der Insolvenz übernahm die Treuhand Liegenschaftsgesellschaft (TLG) – neben vielen anderen Immobilien aus dem Bereich der Industrie – das Werk und ließ es von der Montan Wohnungsbaugesellschaft (MWG) verwalten, die einzelne Räume an verschiedene Selbstständige, Gewerbetreibende und Vereine vermietete.

Seit dem Jahr 2002 ist die JUS Aktiengesellschaft für Grundbesitz Eigentümer in der Gesamtanlage und entwickelt diese zu einer modernen und hochwertigen Wohnanlage mit aufwendig gestalteten Grün- und Ruhezonen im Bereich der Freiflächen.